個人番号カード(電子証明書は標準的に搭載されます。)を利用して、e-Taxにより申告手続等を行う場合は、個人番号カードの電子証明書をe-Taxに登録する必要があります。
また、既に住民基本台帳カードの電子証明書をe-Taxに登録している場合についても、新たに取得した個人番号カードの電子証明書をe-Taxに再登録する必要があります。
なお、電子証明書の登録・再登録の方法については、確定申告書等作成コーナー「『利用者識別番号等の入力画面』からの電子証明書の登録・再登録方法」をご確認ください。

※　個人番号カードに対応したICカードリーダライタについては、公的個人認証ポータルサイトにて、「個人番号カードに対応したICカードRW一覧」(外部リンク)が掲載されておりますのでご確認ください。
なお、公的個人認証サービスに基づく電子証明書に対応するICカードリーダライタに関するご質問については、「公的個人認証サービスポータルサイト(外部リンク)にお問い合わせください。

国税庁HPより

Y.M